美國能源部聯(lián)合基因組研究所DOE JGI是微生物基因組測序的，ELISA試劑盒致力于在生物能源和環(huán)境領域開發(fā)微生物的潛在應用價值。同時，DOE JGI的科學家們也在努力開發(fā)新的工具，以便對基因組進行更經濟有效的裝配和序列分析。
近年來，DNA測序的通量顯著增加，測序成本不斷降低，但基因組裝配仍面臨著不小的挑戰(zhàn)。現(xiàn)有技術一般是先通過測序得到DNA序列的短片段，然后利用計算機方法將其組裝成長片段，從而確定序列順序并對目標序列進行研究。這樣的裝配相當于，要在不知道zui終圖形的情況下，完成數(shù)百萬片的拼圖。如何將這些大量短片段有效組裝起來，一直是基因組裝配面臨的一大難題。
現(xiàn)在，DOE JGI、PacBio公司和華盛頓大學合作，開發(fā)了一種改良版的基因組裝配方法，文章于五月五日發(fā)表在Nature Methods雜志上。研究人員將槍法DNA文庫與單分子實時DNA測序（SMRT技術）結合起來，對三種微生物基因組實現(xiàn)了高質量的從頭裝配。
該技術名為分級基因組裝配HGAP，是一種“從DNA樣品制備到完成基因組的全自動工作流程"。PacBio公司的單分子實時DNA測序平臺，ELISA試劑盒能夠生成超長的測序讀段，HGAP技術正是得益于此。
Sanger測序技術能夠很好的覆蓋測序中的缺口，度非常高。傳統(tǒng)的Sanger測序技術需要創(chuàng)建多個DNA文庫，進行多次測序，并且要整合大量數(shù)據。目前人們往往將Sanger方法與其他測序技術結合起來，以便獲得*化的結果，不過這樣的方法一般仍然需要制備多個文庫。研究人員指出，HGAP技術只需要制備一個槍法DNA文庫，而且不需要用高精度的原始讀段來進行校正。
“在JGI專家的幫助下，我們改進了單分子測序的基因組裝配方法，生成了可以與Sanger金標方法媲美的高質量完成基因組。"
現(xiàn)在ELISA試劑盒研究團隊正在努力拓展HGAP技術的應用，希望將其用于復雜生物的基因組裝配。
